في ظل التطور السريع والنمو المتزايد للبرامج التعليمية والخدمات البحثية والإستشارية مدفوعة التكاليف والتي تقدمها الجامعة للمجتمع ، فقد رأت الإدارة العليا بالجامعة بنظرتها الثاقبة وإستشراقها للمستقبل أن يتم إنشاء إدارة مستقلة تسمى (إدارة التمويل الذاتي) تعني بمتابعة النشاطات التي يتم تمويلها من خارج الإعتمادات المخصصة للجامعة في ميزانية الدولة مثل : المنح والوصايا وريع أملاك الجامعة وما ينتج عن التصرف فيها ، بالإضافة إلى الإيرادات الناتجة عن تقديم الخدمات التعليمية والمشاريع البحثية والدراسات للآخرين من خلال عمادة خدمة المجتمع والتعليم المستمر ومعهد البحوث والإستشارات وغيرها من قطاعات الجامعة المختلفة .

وقد كانت الإنطلاقة الأولى لهذه الإدارة تحت مسمى (وحدة التمويل الذاتي) بقرار معالي مدير الجامعة رقم 123365/ق وتاريخ 21/9/1424هـ تلى ذلك قرار معالي مدير الجامعة رقم 12826/ق وتاريخ 13/8/1427هـ بتعيين مشرفاً عاماً على إدارة التمويل الذاتي يحدد طبيعة عمل المشرف العام على الإدارة والمهام والواجبات المناطة بها والصلاحيات المخولة من إدارة الجامعة ، وما لحق بذلك من قرارات إدارية من معالي مدير الجامعة يمنح الإدارة الصلاحيات اللازمة لتحقيق الأهداف المناطة بها ، وتعمل هذه الإدارة المرتبطة إدارياً بوكيل الجامعة وفق السياسات والإستراتيجيات التي تضعها ( اللجنة العليا لبرامج التمويل الذاتي ) والتي يرأسها معالي مدير الجامعة وتضم في عضويتها وكلاء الجامعة وعمداء خدمة المجتمع والتعليم المستمر ومعهد البحوث والإستشارات وعدد من القيادات الإدارية بالجامعة وصدر قرار معالي مدير الجامعة رقم 11312/ق وتاريخ 14/9/1428هـ بتعديل مسمى إدارة التمويل الذاتي لتصبح الإدارة العامة للتمويل الذاتي.

بعد ذلك صدر قرار معالي مدير الجامعة رقم 13372/ق وتاريخ 21/10/1437هـ المتضمن تنظيم نشاطات التمويل الذاتي بالجامعة حيث تم تغيير مسمى الإدارة العامة للتمويل الذاتي لتصبح (الإدارة العامة للموارد الذاتية ) وترتبط بوكيل الجامعة للأعمال والإبداع المعرفي.