تهدف الإدارة العامة للموارد الذاتية من خلال برامجها التطويرية وخططها الإستراتيجية حاضراً ومستقبلاً إلى الآتي :
أولاً :تطوير أطر التعاون والتفاعل بين الجامعة والقطاع الأهلي حيث أنيط بإدارة الإدارة العامة للموارد الذاتية مسئوليات الإشراف على إيرادات ومصروفات البرامج الممولة ذاتياً والتي يتم تمويلها من خارج الإعتمادات المخصصة للجامعة من ميزانية الدولة ، والإدارة حريصة على تنمية التعاون والتفاعل بين الجامعة والقطاع الأهلي فيما يتعلق بالبرامج التعليمية ذات الموارد الذاتية وتفعيل البرامج والأبحاث العلمية وفقاً للأطر العام لسياسة الجامعة ذلك من خلال عمادة خدمة المجتمع والتعليم المستمر ، ومعهد البحوث والاستشارات .
ثانيـاً :الاستفادة بشكل أكبر من المفاهيم الجديدة لتقويم الأداء مثل إدارة الجودة الشاملة وإدارة الوقت وإعادة الهيكلة حيث تمارس الإدارة العامة للموارد الذاتية مسئولياتها من خلال الإستراتيجية العامة للجامعة وتجنب التأثيرات السلبية طويلة وقصيرة الأمد والتركيز على تطوير الأداء للوصول إلى درجة التميز في إطار الخطة العامة للجامعة ، والحرص على إتاحة الفرصة لمنسوبيها على حضور الدورات التدريبية لتطوير مهاراتهم
ثالثـاً : العمل على زيادة الموارد الذاتية للجامعة عن طريق تنمية ريع أملاكها وأوقافها وتسويق خدماتها والقيام بمشاريع البحوث والدراسات والخدمات العلمية المقدمة لقطاعات المجتمع المختلفة والتنسيق والمتابعة مع الجهات العلمية بالجامعة .بتركيز جهودها على تطوير البرامج الجديدة ومراكز التميز فيما يخص البرامج والأبحاث العلمية .
رابعاً :إحداث أنماط عملية لتنمية موارد الجامعة الذاتية وإبتكار وسائل لإستثمارها ورفع نسبة مشاركتها في تمويل مشروعات الجامعة والتنسيق في ذلك مع الجهات ذات العلاقة بالمشاركة مع الجهات المعنية في تنظيم المصروفات المالية لجميع برامج التمويل الذاتي بما يتفق مع الخطة الإستراتيجية للجامعة للإستفادة القصوى من الإيرادات الذاتية في عملية تطوير العملية التعليمية .